Álvaro San Martín Bernalek, Navarrabiomedeko Patogenesi Mikrobianoko Unitateko doktoregaiak, Nafarroako Unibertsitate Publikotik egindako doktore-tesia defendatuko du azaroaren 13an, ostirala. Ekitaldia 12:00etan hasiko da, Navarrabiomedeko Ekitaldi Aretoan.

“New tools to evaluate the regulatory role of transcriptional overlap in bacteria” izenburua duen doktore-lana Iñigo Lasa Uzcudun doktorearen, Navarrabiomedeko Mikrobio Patogenesiaren Unitateko ikertzaile nagusiaren, eta Jerónimo Rodríguez Beltrán doktorearen, Madrilgo Hospital Ramón y Cajal - IRYCIS erakundeko Mikrobiologia Unitateko ikertzaile nagusiaren zuzendaritzapean garatu da.

Garatutako ikerketa

Bakterioek oso genoma trinkoak dituzte, eta horietan geneak elkarrengandik hain hurbil daude, ezen askotan sortzen dituzten mezu molekularrak (RNA) gainjarri egiten baitira. Fenomeno hori bereziki ohikoa da elkarren ondoan dauden bi gene kontrako noranzkoetan orientatuta daudenean. Gene-bikote horiek excludon izeneko egiturak eratzen dituzte, eta elkarren artean etengailu baten antzera erregulatzeko gai dira: baten jarduera handitzen denean, bestearena gutxitzeko joera izaten du. Orain arte, excludonak modu isolatuan eta ia kasualitatez identifikatu izan dira; horregatik, ezezaguna zen benetan zenbat zeuden, bakterio desberdinetan agertzen ote ziren eta zer funtzio betetzen zituzten.

Excludonak modu sistematiko eta objektiboan identifikatzeko, Álvaro San Martinek “ExcludonFinder” garatu du bere doktore-tesian: sarbide libreko tresna informatiko bat, RNA sekuentziazioaren (RNA-seq) datuetatik abiatuta genoma osoetan excludonak detektatzeko gai dena. Horrez gain, biltegi zientifikoetan eskuragarri dauden datu publikoen bolumen handiak aztertzeko sistema automatizatu bat ere sortu du.

Teknologia horri esker, interes biomediko handiko bi bakteriotan excludonen lehen mapa osoak osatu ditu: Escherichia coli eta Staphylococcus aureus. Emaitzak teknika independenteen bidez baieztatu ziren, besteak beste, zelula bakarreko mailan egindako datu transkriptomikoekin, kate bikoitzeko RNAri lotzen zaizkion proteinekin egindako immunoprezipitazioekin eta RNA txikien transkriptomekin.

Ondoren, azterketak modu partekatuan agertzen diren 26 excludoneko multzo bat eta guztira 149 excludon desberdin identifikatu zituen E. coli-ren bederatzi anduietan. Aurkikuntza horiek erakutsi dute anduien arteko desberdintasunak ez daudela hainbeste dituzten geneetan, baizik eta haien transkriptoak nola mugatzen eta adierazten diren. Gainera, excludonak eboluzioan zehar kontserbatuta daudela eta maiz transkripzio-faktoreekin eta toxina-antitoxina sistemekin lotuta agertzen direla ikusi da; mekanismo horiek funtsezkoak dira bakterioek estresari erantzun eta ingurumen-aldaketetara egokitu ahal izateko.

Oro har, lan honek erakusten duenez, elkarren ondoko geneen arteko transkripzio-gainjartzea (excludona) bakterioetako erregulazio genetikoaren geruza orokor berri bat da. Azterketak, gainera, fenomeno hori beste mikroorganismo batzuetan ere ikertzeko aukera zabaltzen du, hala nola arkeoetan edo fagoetan, eta orain arte oharkabean igaro diren elkarren ondoko geneen arteko lotura funtzional berriak aurkitzeko bidea irekitzen du.

Mugikortasuna eta argitalpenak

Bere doktorego-tesian zehar, Álvaro San Martín Espainiako Mikrobiologia Elkarteak ematen duen "César Nombela" mugikortasun-laguntzaren onuraduna izan da.

Bere ikerketaren emaitzak hainbat artikulutan argitaratu dira, besteak beste, Nucleic Acids Research, Frontiers in Cellular and Infection Microbiology eta microLife aldizkarietan. Horrez gain, hainbat kongresu zientifikotan aurkeztu dira: Federation of European Microbiological Society Congress - FEMS MICRO (Milan, 2025), XXX Congreso de la Sociedad Española de Microbiología (Espainia, 2025) eta XIV Reunión de Microbiología Molecular (Santander, 2024).