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Este nuevo mecanismo permitirá estudiar nuevas aproximaciones terapéuticas a pacientes no respondedores a inmunoterpias convencionales ofreciendo una medicina más personalizada y precisa.
 

El equipo de la Unidad de Oncoinmunología del centro de investigación biomédica Navarrabiomed ha identificado una nueva ruta de señalización molecular (interacción de las moléculas PD-1 y LAG-3 con MYC) que ocasiona que el sistema inmune no funcione correctamente en pacientes con cáncer produciendo una respuesta negativa a tratamientos de inmunoterapia convencionales. El hallazgo abre las vías a estudiar nuevas aproximaciones terapéuticas para contrarrestar la resistencia a los tratamientos oncológicos de inmunoterapia.

La investigación, publicada recientemente en la revista científica de alto impacto Signal Transduction and Targeted Therapy, ha sido liderada por los doctores Luisa Chocarro, David Escors, Grazyna Kochan.
 

Nuevas rutas moleculares

Las inmunoterapias que se administran en los hospitales consisten en terapias biológicas que activan el sistema inmunitario del paciente oncológico mejorando sus defensas con el objetivo de hacer frente al tumor. Sin embargo, hay pacientes a los que no les funciona el tratamiento porque su sistema inmunitario no funciona correctamente, y se desarrollan mecanismos de resistencia. Con frecuencia esa resistencia se vincula a la expresión de la molécula LAG-3 en los linfocitos (un tipo de células del sistema inmunitario) y supone uno de los mecanismos más importantes de resistencia a las inmunoterapias convencionales. En este trabajo de investigación de Navarrabiomed se han utilizado técnicas de alto rendimiento para estudiar cómo funciona LAG-3 a nivel molecular en los linfocitos del sistema inmunitario en cáncer. 

En este estudio se ha podido caracterizar por primera vez con gran detalle cómo funciona la molécula de manera individual y junto con PD-1 para inactivar a los linfocitos. En concreto, se ha descubierto que la cooperación molecular de LAG-3 y PD-1 está regulada por la inhibición de otra molécula de gran importancia en cáncer, llamada MYC, y que causa que los linfocitos no funcionen bien para reconocer y eliminar al cáncer. Esta inhibición de MYC se ha validado en linfocitos infiltrantes de tumor, que expresan PD-1/LAG-3, en datos genómicos públicos de más de 500 pacientes con cáncer.

En esta investigación se propone por primera vez una nueva ruta molecular por la que los linfocitos fallan para destruir al tumor, y se abre la vía a nuevos estudios de Navarrabiomed para seguir explorando estos mecanismos moleculares y desarrollando nuevas terapias pahttps://www.navarrabiomed.es/es/servicios/proteomicara contrarrestarlos.
 

Difusión de resultados y financiación

La investigación, que se ha realizado en estrecha colaboración con el servicio científico-técnico de Proteómica de Navarrabiomed, ha sido posible gracias a la financiación de la Asociación Española Contra el Cáncer, del Instituto de Salud Carlos III, del Gobierno de Navarra y de la Unión Europea.

Además del artículo publicado recientemente, los resultados se han presentado en el año 2025 en el congreso internacional ESMO Molecular Analysis for Precision Oncology (MAP) de la Sociedad Europea de Oncología Médica (ESMO) en París.

• La publicación recoge los protocolos de referencia disponibles para un manejo clínico más personalizado y preciso.

El cáncer de esófago es un tumor derivado de las células que recubren la mucosa interna del esófago, la parte del tubo gástrico que conecta la garganta con el estómago. Se considera una enfermedad agresiva que se sitúa como la séptima causa principal de muerte por cáncer a nivel mundial. Maria Alsina, especialista del Servicio de Oncología Médica del Hospital Universitario de Navarra e investigadora principal de la Unidad de Oncología Médica Traslacional en Navarrabiomed, especializada en el tratamiento de pacientes con tumores esofagogástricos, ha liderado la publicación de la “Guía clínica SEOM-GEMCAD-TTD de cáncer de esófago 2025” en la revista internacional de acceso abierto Clinical and Translational Oncology.

Esta publicación, que actualiza los protocolos asistenciales para el abordaje del cáncer de esófago en España, es una guía de referencia para los oncólogos y oncólogas facultativos de los diferentes centros hospitalarios españoles, ya que ofrece un resumen con la evidencia científica actual sobre el diagnóstico y opciones terapéuticas de este tipo de tumores.

El cáncer de esófago es una enfermedad altamente letal, que requiere de un abordaje multidisciplinar. Esta guía recoge las novedades en el tratamiento de quimioterapia de pacientes con opción quirúrgica, así como la introducción de las terapias dirigidas, incluida la inmunoterapia, en las fases más avanzadas. “La introducción de estos cambios ha impactado positivamente mejorando la supervivencia de los y las pacientes con cáncer de esófago” señala Maria Alsina.

La elaboración de la guía se ha promovido desde la Sociedad Española de Oncología Médica (SEOM), en colaboración con el Grupo de Tratamiento de Tumores Digestivos (TTD) y el Grupo Español Multidisciplinar en Cáncer Digestivo (GEMCAD). En esta guía, codirigida por la Dra. Alsina y la Dra. Ana Fernández-Montes del Complexo Hospitalario Universitario de Ourense, han participado facultativos y facultativas de otros centros: Hospital Regional Universitario de Málaga, Hospital Universitario la Paz, Hospital Virgen de la Salud, Hospital General Universitario de Elche, Hospital Universitario 12 de Octubre y Hospital Universitario Marqués de Valdecilla.

• Ver nota de prensa completa

Ha desarrollado su investigación en la Unidad de Cardiología Traslacional de Navarrabiomed

El bioquímico Mattie Garaikoetxea Zubillaga ha estudiado en su tesis doctoral, defendida en la Universidad Pública de Navarra (UPNA), distintos aspectos relacionados con la insuficiencia aórtica crónica, una enfermedad cardiovascular degenerativa que se define como un deficiente sellado de la válvula aórtica y que afecta más a los hombres. En concreto, ha estudiado, por un lado, las diferencias entre sexos en lo que respecta a las células intersticiales y endoteliales de la válvula y, por otro, los posibles beneficios del antagonismo del receptor de mineralocorticoides (un tipo de tratamiento farmacológico). La investigación del nuevo doctor por la UPNA se ha desarrollado en la Unidad de Cardiología Traslacional de Navarrabiomed, bajo la dirección de Natalia López Andrés, investigadora principal de esta unidad, y Eva Jover García, responsable de la línea de investigación en Arritmias de la misma unidad.

Como se ha indicado, la insuficiencia aórtica crónica es una enfermedad cardiovascular degenerativa que se define como un deficiente sellado de la válvula aórtica, lo que produce un flujo retrógrado patológico desde la aorta al ventrículo izquierdo del corazón. La prevalencia de su forma más severa se estima en un 1,6% de la población occidental mayor de 65 años, y es 3 veces más frecuentemente diagnosticada en hombres.

Actualmente, no existe tratamiento farmacológico eficaz que pueda frenar, detener y menos revertir esta patología, por lo que el desarrollo natural de la enfermedad hacia la insuficiencia cardiaca y consiguiente fallo cardiaco se previenen únicamente mediante cirugía. “Este tipo de intervenciones tienen un gran coste económico y socio-sanitario asociados, por lo que resulta esencial el estudio de nuevas dianas terapéuticas y fármacos efectivos que lo puedan evitar”, asegura el investigador.

En este escenario, la tesis doctoral ha tenido un propósito doble. Por un lado, analizar y estudiar las diferencias de sexo a nivel molecular y celular, teniendo en cuenta la gran diferencia de la prevalencia de la enfermedad entre hombres y mujeres. Y por otro lado, estudiar el rol de la proteína del receptor mineralocorticoide en el desarrollo de esta enfermedad, proponiendo su bloqueo farmacológico como posible diana terapéutica.

Se ha contado para este trabajo con una cohorte total de 144 pacientes, que han donado suero y válvulas aórticas tras la cirugía. “A partir de dicho tejido, se han podido estudiar tanto a nivel de expresión de genes como de proteínas las células que componen la válvula aórtica, esto es, las células intersticiales de válvula y las células endoteliales de válvula”, explica el autor de la tesis.
 

Diferencias entre hombres y mujeres

Los resultados han mostrado que las células intersticiales de válvula de los hombres y mujeres que son intervenidos a causa de la insuficiencia aórtica crónica difieren entre ellas: “las células de los hombres son más proclives a desarrollar procesos fibróticos e inflamatorios, mientras que las células de las mujeres parecen estar más sanas”, refiere el investigador. “El papel de las células endoteliales de válvula también se ha observado, aunque las diferencias de sexo son mucho más limitadas”, apunta.

En la tesis, también se ha encontrado que el receptor mineralocorticoide se encuentra presente en las válvulas aórticas de pacientes con insuficiencia aórtica crónica, siendo mayor su expresión en las células de los hombres. Además, dicha expresión del receptor se ha asociado a mayores niveles de mediadores, tanto inflamatorios como fibróticos. En otras patologías cardiovasculares, el bloqueo mediante fármacos de este receptor (que se usan en la práctica clínica de los hospitales españoles) ha resultado tener grandes beneficios clínicos. “En línea con dichos hallazgos, describimos que, a nivel celular y molecular, el bloqueo de este receptor previene de los efectos profibróticos y proinflamatorios de su activación, procesos asociados al desarrollo de la insuficiencia aórtica. Además, las válvulas aórticas de los pacientes que estaban siendo tratados con este fármaco por otros motivos presentaban menor expresión de marcadores inflamatorios y fibróticos en sus válvulas”, explica el autor de la tesis.

En definitiva, la investigación ha concluido por primera vez que, a nivel celular, los hombres presentan mayor activación de los procesos fibróticos e inflamatorios, así como de expresión del receptor mineralocorticoide en el contexto de la insuficiencia aórtica crónica. Por el contrario y en comparación, las células de las mujeres siguen procesos menos pronunciados o "sanos", sugiriendo una fisiopatología o desarrollo diferente de la enfermedad. “Las implicaciones clínicas de dicho dimorfismo sexual que presenta actualmente la enfermedad se estudiarán en trabajos futuros por el grupo de investigación”, asegura Mattie Garaikoetxea.

“Por último, se han observado beneficios del uso del antagonismo del receptor mineralocorticoide a nivel molecular, lo que abre la puerta a futuros estudios que ratifiquen el posible uso beneficioso de este tipo de fármacos en la insuficiencia aórtica crónica, lo que puede sugerir un reposicionamiento del fármaco”, apunta el autor de la tesis.
 

Breve CV de Mattie Goikoetxea

Mattie Garaikoetxea es graduado en Bioquímica por la Universidad de Navarra y Máster en Máster Universitario en Investigación en Ciencias de la Salud por la UPNA. Ha sido beneficiario de una ayuda de Navarrabiomed para el desarrollo de su tesis y los resultados obtenidos los ha presentado recientemente en el congreso internacional de la Heart Valve Society Annual Meeting 2025 (Cairo, Egipto), bajo el título: "Sex Differences In Aortic Valve Inflammation And Remodeling In Chronic Severe Aortic Regurgitation". Durante el desarrollo de su tesis, realizó una estancia de investigación en el Centre de Recherche des Cordeliers (París).

Es, además, autor de 17 artículos científicos publicados en revistas internacionales y ha realizado aportaciones en una treintena de congresos médicos nacionales e internacionales. Asimismo, ha participado en seis proyectos de investigación financiados por IdiSNA o Navarrabiomed.

Con fecha 19 de diciembre de 2025 se ha publicado la resolución definitiva de los Programas de Ayudas de Navarrabiomed 2025.

La Unidad de Gestión de la Investigación junto con el Comité Científico Interno, la Comisión de Evaluación y Seguimiento y el Panel de Evaluación de Navarrabiomed, tras evaluar los criterios de valoración establecidos en las bases reguladoras de las ayudas postdoctoral, predoctoral, predoctoral en el área de dimensión de género y MCVM de Navarrabiomed 2025, publica la adjudicación definitiva de los Programas de Ayudas de Navarrabiomed 2025.

A continuación, se facilita la documentación relacionada:

●    Permitirá simular la atención profesional en suturas, biopsias y venopunción 

Navarrabiomed – Fundación Miguel Servet y el Hospital Universitario de Navarra han firmado un convenio de colaboración con la empresa navarra Ysium Medical que permitirá la implantación en el SNS-O de dispositivos médico-quirúrgicos innovadores. Los desarrollos permitirán a los y las profesionales formarse y ensayar técnicas sanitarias como suturas, biopsias y venopunción, entre otros, previo a la realización de dichos procedimientos a pacientes. 

La Unidad de Innovación de Navarrabiomed y del Departamento de Salud tiene como objetivo promover, apoyar y canalizar las ideas e iniciativas de innovación procedentes del sistema público navarro de Salud. En este sentido, el convenio ahora firmado pretende optimizar y mejorar los procesos del ámbito sanitario, así como promover la docencia y adiestramiento de los y las profesionales con mayor realismo y detalle antes de la realización. 
 

Validación de kits de simulación 

Los nuevos desarrollos facilitarán innovadores kits de simulación para la práctica de suturas (cara y brazo), biopsias (seno, piel y médula ósea del esternón) y venopunción. Para su validación, Navarrabiomed coordina un grupo de trabajo que cuenta con la participación activa de profesionales de diversos Servicios y Unidades del Hospital Universitario de Navarra. 
Por el momento, se han celebrado varios encuentros para certificar la calidad, usabilidad y eficacia de los desarrollos y se prevé que los dispositivos finales acordados se implanten en el HUN en el segundo semestre de 2024.  
 

• El encuentro ha dado a conocer casos de éxito en los que se han involucrado profesionales del HUN, UPNA y Navarrabiomed. 

La Unidad de Innovación de Navarrabiomed - Fundación Miguel Servet organizó la mesa redonda “Y ahora, ¿qué hago con mi investigación?” el pasado jueves, 12 de diciembre con el objetivo de abordar cómo a partir de una idea, una invención, ésta puede valorizarse, protegerse y llegar a mercado. En el encuentro intervinieron Beatriz Pérez y Marina Galilea, responsable y asesora legal de la Unidad de Innovación, respectivamente, y tres profesionales del ámbito sanitario, universitario e investigador. 

En primer lugar, Gonzalo Alonso, cardiólogo del Hospital Universitario de Navarra, intervino para dar a conocer su experiencia en protección de la innovación como inventor en una patente de asistencia ventricular para pacientes con insuficiencia cardiaca y el estado actual del proceso para licenciarla a una empresa, fase en la que está siendo asesorado por el equipo de Innovación de Navarrabiomed. 

Para dar a conocer la protección y transferencia tecnológica al mercado en el ámbito universitario participó Iñaki Casado, Jefe de la Sección de Transferencia de conocimiento de la Universidad Pública de Navarra, que expuso cuatro casos de éxito de diversa tipología y temática.   

Por último, los asistentes conocieron el caso de Leyre Ruete, co-fundadora y CEO de la empresa Eversens, una spin-off de la UPNA creada en 2015 a partir de desarrollos surgidos en el ámbito investigador, que contaron con la colaboración del Hospital Universitario de Navarra y Navarrabiomed. En la actualidad diseñan, desarrollan, fabrican y comercializan soluciones de análisis de la respiración humana para detectar, de forma no invasiva, biomarcadores exhalados útiles para el diagnóstico y monitorización de diversas enfermedades.

Los tres testimonios pusieron de manifiesto la importancia que tiene la protección en el proceso de transferencia tecnológica. En concreto, incidieron en cómo antes de difundir cualquier resultado de investigación se debe reflexionar y buscar asesoramiento externo para tener en cuenta el marco regulatorio y establecer la forma más adecuada de proteger y explotar los hallazgos obtenidos. 
 

• Más información y contacto Unidad de Innovación Navarrabiomed-FMS. 

• 16 entities from six European countries will participate in this initiative, which has a budget of €5.2 million.

Navarra is leading this European project, which aims to purify wastewater in hospitals and healthcare facilities. A multidisciplinary team, made up of professionals from the Microbiology Service of the University Hospital of Navarra (HUN) and the Navarrabiomed Research Centre, is working on the development of a solution that also involves 16 entities from 6 European countries: Estonia, Poland, the Netherlands, Belgium, Greece, and Spain.
This project, called THERESA PCP, receives €5,287,206 in funding from the European Commission. For its implementation, it seeks specific technology for the on-site treatment of hospital wastewater through the public procurement procedure known as Compra Pública de Innovación (public procurement of innovation). Basically, public procurement of innovation is a form of public contracting whereby private sector companies are invited to submit proposals for technological or innovative solutions to a need for which there is currently no known solution.

The multidisciplinary team from Navarra is made up of healthcare professionals from the Microbiology and Management Department, the Administration Department, General Services at the University Hospital of Navarra, and from the Department of Health’s Innovation Unit and the Management Unit at Navarrabiomed – Miguel Servet Foundation. The Public Procurement for Innovation Section of the Universities, Innovation and Digital Transformation Department is also involved.

Milagros Larráyoz, Director of Economic Management and General Services at the University Hospital of Navarra, explains why the project is so important: “THERESA PCP will enable us to study solutions that will put Navarra’s public health service at the forefront of Europe’s environmental approach. We need to implement efficient, sustainable solutions that guarantee the responsible operation of the hospital environment, from carbon footprint measurement, through waste management, materials logistics and energy efficiency, to clinical actions involving digitisation, the prescription of diagnostic tests and the use of fluorinated gases, among other aspects”.

The THERESA PCP project has been awarded the highest possible score (15/15) in a Horizon Europe pre-commercial procurement call on environmentally sustainable, climate-neutral and circular health systems, in which 12 European consortia participated.
 
Comprehensive health for a “One Health” project

THERESA PCP is part of the European Commission's “One Health” initiative, which aims to balance and optimise the health of people, animals and ecosystems. Specifically, the project promotes environmental health and biodiversity, and works to minimise and reduce the potential impact of waste from the healthcare sector through proper management and treatment.
The solution will allow to study the prioritised elimination of antibiotics, antibiotic-resistant bacteria and antimicrobial resistance genes, all of which promote antimicrobial resistance. Contrast products used in diagnostic tests and cytostatic drugs administered in cancer treatments, among others, will also be eliminated. 

The technological implementation will be part of a Pre-commercial Procurement Process (PCP) involving seven hospitals, including the University Hospital of Navarra. In the coming months, a preliminary market consultation will be carried out, in which different entities are expected to propose their technological solutions to the need published in the consultation.
Subsequently, following a tender process, the first phase of the PCP, “Solution Design”, will begin, in which five companies will design technological prototypes for the group of hospitals. After they have been assessed, a total of 3 solutions will be chosen to continue to the second phase, “Prototype Development”. As a result of this phase, 2 of the prototypes will be selected to be validated on site in hospitals from 4 different European countries (each solution in two different hospitals), as part of the third phase of the PCP. The technological solution that shows the best results will be made available for the hospitals to acquire.

• The publication, distributed by the Springer-Nature group, is aimed at R&D environments associated with the fields of neuroscience and neurology.

Cerebrospinal fluid (CSF) Proteomics: Methods and Protocols is the second edition devoted exclusively to the in-depth molecular analysis of cerebrospinal fluid (CSF). The monograph, published by Springer Nature (in print and electronic formats in English), was coordinated by Enrique Santamaría, head of the Clinical Neuroproteomics Unit, and Joaquín Fernández-Irigoyen, head of the Proteomics Scientific and Technical Department, and assembles the latest advances in CSF molecular analysis, which is so important in protecting and maintaining brain activity.

This work follows on from the first edition of the manual, published in 2019, and now includes contributions from a total of 75 researchers from eight countries. It is structured into six sections, with a total of 22 chapters focusing on the different technological approaches that currently enable proteomic, metabolomic and bioinformatic analysis of CSF, facilitating both the understanding of the molecular information present in this fluid and the identification of biomarkers and therapeutic targets associated with neurodegenerative and psychiatric diseases.

“In recent years, new technologies have emerged that enable highly sensitive and specific molecular analyses, which, together with new developments in mass spectrometry, have revolutionised the way population studies associated with brain pathology are approached. We believe that this manual is a useful reference guide for students and researchers interested in -omic methodologies and precision medicine in neurology," says Enrique Santamaría.

• The conference, organised by Navarrabiomed and chaired by Vice-President Ana Ollo, included contributions from patients and professionals to move forward towards more equal and equitable research and healthcare at European level.

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Navarrabiomed held a conference today entitled “Impulsando una Europa de la Salud sin sesgo de género” (Promoting a Gender-Neutral European Health System), with the ultimate aim of contributing to the new European Equality Strategy. The Second Vice-President and Minister for Memory and Coexistence, External Action and the Basque Language of the Government of Navarra, Ana Ollo Hualde, and the Director General for External Action, Sergio Pérez García, took part in the event, which assembled 70 healthcare professionals, patient associations, institutional representatives and members of the public to consider persistent inequalities and share solutions.

The event, funded by the Directorate-General for External Action of the Government of Navarra, by means of the 2025 call for Grants for the dissemination of European Union policies and strategies, is part of the series of meetings entitled “Public health: researching and improving with Europe”, which the Navarra Joint Biomedical Research Centre has been organising for the past four years. 
Gender equality in health and biomedical research is not only a matter of social justice, but also a priority for ensuring more effective treatments, more accurate diagnoses and health policies tailored to the real needs of the entire population. With this premise in mind, Vice-President Ollo recalled the words of Hadja Lahbid, Commissioner for Equality, Preparedness and Crisis Management, spoken in the European Parliament: “Equality in health research is not optional,” she said, “it saves lives. Our biological differences affect diagnosis, response to treatment and rehabilitation... We must address the needs of all citizens, because a one-size-fits-all approach does not work in health policy.”
 
Towards a new European Equality Strategy

The conference comes at a key moment, following the presentation in March by the European Commission of its Roadmap on Women's Rights and the 2025 Report on Gender Equality. Both documents note that, although progress has been made, structural inequalities between women and men persist in the health and research fields. The European roadmap stresses the urgency of incorporating the gender dimension into the health field, calling for "higher standards in health, by supporting and complementing women's access to sexual and reproductive health and rights in full compliance with the Treaties, and promoting gender-sensitive medical research, clinical trials, diagnostics and treatments.”
To address these challenges, Lydia González Orta, senior European project officer for gender integration in R&D&I at the Spanish Foundation for Science and Technology (FECYT), shared the key elements of European policies in this area and highlighted initiatives such as GENDERACTION, GENDERNET Plus and SUPERA, which are working to reduce gender inequalities in scientific research. González pointed out that “gender equality is not irreversible, so we need to use all the tools we have at European level to ensure that health research systematically incorporates an inclusive gender analysis.”

The conference also served to highlight good practices spearheaded in Navarra in research and healthcare with a gender focus. Ernesto Martín Núñez, postdoctoral researcher at the Translational Cardiology Unit at Navarrabiomed, presented the line of research they are developing to study heart valve deterioration and the importance of taking the gender perspective into account in this field. 
Next, Elena Antoñanzas Baztán, Director of Health Strategy and Research at the Department of Health, analysed the gender assessment of Navarra's latest Health Plan and its principal conclusions. In addition, Andrea Ucar Vargas, Head of Communications at Navarrabiomed, presented proposals for social innovation, such as the use of forum theatre to raise awareness and discuss health with young people from an inclusive perspective.
 
Participatory forum to contribute to the future European Equality Strategy 

One of the central themes of the conference was a citizen participation forum structured into five working groups, organised according to the profile of the participants: researchers, health professionals, institutional representatives, patient associations and the general public. At these round tables, participants analysed the current situation based on their own experiences and identified the main challenges and obstacles that persist in their fields in relation to gender equality in health and biomedical research.
Based on this collaborative work, specific proposals and possible measures were also put forward that can be spearheaded by Europe to move towards more equitable, inclusive and gender-sensitive public health system.
The contributions gathered in this forum will be included in a conclusions report that Navarrabiomed will draw up in the coming weeks and send to the European Commission as Navarra's contribution to the open participation process to incorporate gender-neutral health into the future European Equality Strategy.
 

•  The findings of the Protein Crystallography and Structural Immunology Unit have been published in the following international journals: Scientific Reports y Communications Biology.

The Protein Crystallography and Structural Immunology Unit at Navarrabiomed, led by Jacinto López Sagaseta, recently published a study critically analysing the current limitations of artificial intelligence, specifically AlphaFold, in protein structure prediction. In a second study, conducted in collaboration with researchers from the National Cancer Institute  in the United States, the discovery of molecular configurations previously unknown in primitive organisms is described, which suggests that key structural elements of the adaptive immune system appeared much earlier than previously thought. 

The results, which have been published in scientific articles in Scientific Reports and Communications Biology,, offer new horizons in the design and development of new therapeutic proteins.

Furthermore, the relevance of this research has transcended the local academic sphere. Jacinto López Sagaseta, the researcher who led these studies, has been invited to present these findings at the Protein & Antibody Engineering Summit 2025,conference to be held in Lisbon next November, which will assemble experts from leading centres such as MIT, Scripps, Roche and Genentech, among many others. 

1. Severe deviation in protein fold prediction by advanced AI: a case study (Scientific Reports, 2025)

This study critically evaluates the current capabilities of artificial intelligence in protein structure prediction, focusing on AlphaFold.
 Using the protein SAML, derived from the marine sponge Geodia cydonium and composed of two domains, the authors compare the structure predicted by AlphaFold with that determined experimentally by X-ray crystallography.

The researchers observed that while AlphaFold accurately predicts the individual structure of each domain (RMSD < 0.9 Å), the AI tool fails to predict the relative orientation of the two domains. This result was confirmed even when expanding the conformational folding space of the protein in AlphaFold predictions. Furthermore, the researchers achieved two forms of crystallisation of RTK, a protein similar to SAML. In both forms, the folding of the protein is identical, indicating that the crystallised conformation is robust and a faithful reflection of the native conformation. The deviation obtained in the predictions is reflected in an RMSD greater than 7.7 Å when the experimental structure and the AlphaFold prediction are overlaid, or in deviations of over 30 Å for equivalent residues when overlaying one of the domains. On a human scale, it is as if, in an anatomical reconstruction, the head were placed at the level of the navel. This analogy highlights how serious an interdomain assembly error can be in structural biology, especially when these models are used to design drugs or antibodies, where precise interaction geometry is critical. Therefore, this study reveals that AlphaFold is an accurate prediction tool for low-complexity structures, but it does not adequately model the spatial arrangement of proteins composed of more than one domain, particularly when clear evolutionary constraints are lacking or when proteins have few homologues in the databases.

These results have direct implications for health and rational drug design. Many therapeutic proteins (antibodies, receptors, enzymes) depend on precise orientation between functional domains, and errors in their prediction can compromise target selection, inhibitor design, or antibody engineering. 

In conclusion, this work reiterates that AI generates theoretical models that may deviate from the actual structure of a protein, and highlights the need to prioritise experimental data, especially in sensitive biomedical contexts such as the development of new immunotherapies.

2. Unusual traits shape the architecture of the Ig ancestor molecule (Communications Biology, 2025)

In a second article published in March this year, and in collaboration with experts from the National Institute of Health in the United States, the researchers present a rigorous study of the crystallographic structures of two ancestral Ig-like proteins (SAML and RTK) from the marine sponge Geodia cydonium, representatives of one of the oldest Metazoa lineages. Both proteins have two tandem immunoglobulin domains.

Main findings:
•    The N-terminal domain exhibits a unique architecture, distinct from known Ig types, leading to the proposal of a new category: the Early Variable (EV-set) domain.
•    The C-terminal domain adopts a C1-set configuration, which until now was considered exclusive to vertebrates. This suggests that the basic architecture of surface immune receptors may have emerged long before the appearance of the adaptive immune system.
This discovery provides a new perspective on the structural evolution of immune systems and could inspire the development of new protein scaffolds for antibody engineering or TCR receptors. Furthermore, understanding how nature has reused these modular platforms for hundreds of millions of years can guide the design of synthetic receptors with evolutionarily optimised properties, useful in immunotherapy, diagnostics and cell therapies.

Conclusions

Both works, which focus on the structure of an ancestral protein, address key aspects of modern structural biology from different angles. The first exposes the limitations of current predictive models, warning of their risks in biomedical contexts. The second explores the evolutionary roots of Ig domains, suggesting that the basic architecture of immune recognition predates the adaptive immune system by a considerable margin.

As a whole, these studies not only enrich our understanding of the origin of immunity, but also offer conceptual and structural tools with great potential for application in modern biomedicine, from the design of therapeutic proteins to the development of diagnostic platforms.

 
Photo captions: 

• Figure 1: Overlaying of the structural model predicted by AlphaFold (yellow) and the structure determined by X-rays (blue). The turquoise spheres indicate equivalent atomic positions in both models. A discrepancy of 32 Å is observed, indicating a significant difference between the computational prediction and the actual conformation of the protein obtained by X-ray diffraction.
• Figure 2: The image shows canonical (lower panel) and non-canonical (upper panel) disulphide bridges, with alternative conformations detected by X-ray diffraction, in the SAML protein from Geodia cydonium. Early Variable and C1 immunoglobulin (Ig) domains are observed, identified for the first time in non-vertebrate organisms, with atoms coloured by type (grey: carbon, blue: nitrogen, red: oxygen, yellow: sulphur). The blue network represents the signal obtained through X-ray diffraction of SAML crystals by researchers at Navarrabiomed.